トバリシティでスモモに勝利した後、ゲンキ達はノモセシティに足を運び、ジムリーダー、マキシと勝負した。
「たきのぼりだ！」
勝負は大詰めを迎えていた。マキシのフローゼルがたきのぼりでゲンキのフラエッテに攻撃して来た。
「かわして！」
ゲンキの指示でフラエッテはフローゼルの攻撃をかわすと、マジカルリーフを飛ばして攻撃した。
「おお、やるな！」
マキシの指示でフローゼルがこおりのキバで攻撃して来た。フラエッテはフローゼルの攻撃をかわしてムーンフォースを飛ばして攻撃、これを見事に倒した。
「やった！」
「やったー、ゲンキが勝ったー！」
ゲンキの勝利に観客席から見ていたコルニ達は喜んだ。
「いい勝負だったぞ、お前をマキシマムジュニアにしたいくらいだ。これからも頑張れよ！」
マキシからバッジを貰ってゲンキはジムを出た。
「ゲンキ、やったね。これでバッジも後一つ！」
スズナが少年の持っているバッジを見て残りが後一つだと言った。
「デンジさんに勝てば次はシンオウリーグだね！」
ナタネが言ったその時、突然異変が起きた。
「な、何なの？！」
「空が不気味な空間で覆われてる？」
ナタネ、スズナ達が空を見ると、空が異様な空間が漂っている事に気付いた。
「これってもしかして・・・？」
「そう、テンガン山で大変な事が起こっているそうよ！」
ヒカリが何かを思い出していいると、そこへ金髪のミニスカートを着た女性が現れた。
「ゲンキ君、大変よ。テンガン山で事件が起きたわ！」
「あれ、シロナさん？」
ヒカリがミニスカートの女性にシロナかと言った。
「ちょっと、今は、ミニスカートのお姉さんと言って？」
「ええ、でもシロナさんじゃ・・・」
「ミニスカートのお姉さん！」
ミニスカートのお姉さんの圧にヒカリはこれ以上言えなかった。
「テンガン山で大変な事が起こっているって？」
コルニが聞くとミニスカートのお姉さんは説明した。
「誰かが何かしらの力を使ってテンガン山で・・・もしかしたら伝説のポケモンを使って何かを起こそうとしているかもしれないわ・・・！」
「それは大変、何とかしないと・・・！」
コルニが慌てて何とかしようと言った。
「ええ、あたし達で事件を解決するの！ゲンキ君、付いて来てくれる？」
「うん、行くよ！」
「ありがとう」
ミニスカートのお姉さんがゲンキの頭を撫でて褒めると、ボールから出したギラティナにゲンキ達を乗せてテンガン山に向かっていった。
「ひとっ飛びだったね！」
「ええ、ありがとうギラティナ！」
テンガン山に来てコルニとヒカリがギラティナにお礼を言った。
「さあ、準備はいいわね？」
お姉さんが戦う準備は出来ているかと言うと、ゲンキは頷いた。
「よし、じゃあ行くわよ！」
ミニスカートのお姉さんに付いて行って、中央へ向かう。
「おや、こんな所でお散歩ですか？」
その途中、ロケット団の幹部としたっぱ達が待ち構えていた。ランスがゴルバットを出して立ちはだかった。
「やはり、ロケット団ね！」
「ここはあたし達に任せて、ゲンキは先に！」
コルニ達、シンオウ、カロスのジムリーダー達が幹部としたっぱ達を食い止めた。
「ありがとう、皆！」
「ゲンキ君、あたし達で止めよう！」
ヒカリとミニスカートのお姉さんに連れられて奥地へと向かっていった。
「ふ、やはり来たか・・・」
中央ではサカキが後ろを向いて立っていた。
「ロケット団ボスのサカキ、貴方の悪事もここまでよ！」
「ふ、だが遅かったな。計画は成功した。伝説のポケモンは、私の手中に収まった」
サカキが指を鳴らすとミュウツーが出て来た。更にシンオウの伝説のポケモン、ディアルガとパルキアが現れた。
「シンオウの伝説ポケモンがロケット団の・・・！」
ヒカリが驚いていると、サカキは不敵に笑った。
「ふふ、そうだ。シンオウの伝説ポケモンを我が物にする事が出来た。後は、この力を使ってシンオウ地方を制圧する事だ」
「シンオウ地方を支配するのね、そんな勝手な事はさせないわ！」
ミニスカートのお姉さんがそうはさせないと啖呵を切った。
「ふふ、そう言うと思っていた。君達がこのシンオウ地方を愛すると言うのなら、この私を止めてみるといい！」
サカキが指を鳴らすとミュウツー、ディアルガ、パルキアの三体が向かって来た。
「痛い目に合ってもらおう！」
サカキの指示でディアルガがてっていこうせん、パルキアはあくうせつだん、ミュウツーがサイコキネシスを飛ばして来た。
「クレセリア！」
ヒカリがクレセリアを出した。クレセリアはひかりのかべを張ってディアルガ達の攻撃を防いだ。
「ありがとう、ヒカリちゃん」
「どう致しまして、お姉さん」
「さあ、ゲンキ君、シンオウ地方を守る戦い、始めるわよ！」
「うん！」
ミニスカートのお姉さんはギラティナを、ゲンキはズガドーンを出した。ヒカリもクレセリアを戦闘に出した。ギラティナはディアルガと戦い、クレセリアはパルキアと戦い、ズガドーンはミュウツーと戦いを始めた。