交通事故で命を落とした青年、ゲンキ。少女の呼ぶ声に反応して目を覚ますと、そこには好きなキャラのコルニがいた。ポケモンの世界、カロス地方にいて、少年に転生していた事を知った彼はコルニに告白。コルニと恋人になり、思い出を作った後、彼女に勧められるようにカロス地方をコルニと二人で旅をするのだった。それは様々な人達と出会い、多くの冒険を紡いでいく出来事の始まりだった。