かつて神々が戦い、その末に完全死者蘇生魔術、人々の間で蘇生や救済、女神の奇跡と呼ばれる社会秩序の要が生まれ。一万数千年間も定着した世界。その世界で女神の奇跡を統べる女神の代理人を目指す魔族の少女がいた。名はマギサ。彼女は異世界から召喚した異邦人を率い、自らも女神の代理人を目指す戦いに参戦する。だが、彼女は敵の追撃を受け、愛する人を失ってしまう。愛する人との別れから十数年後。マギサの姿は仲間達と共に第三次世界大戦後の復興が進む日本にあった。そんな彼女はＰＭＣ（民間軍事会社）の幹部として着々と武力を蓄え。女神の代理人を目指していた。そんなマギサに奇跡が起きる、マギサが愛し失った彼との再会である。彼は平和な並行世界の日本で別の人生を生きていた、もうひとりの彼だった。もうひとりの彼と知らずに新兵器のパイロットとして仲間に加えたマギサ。マギサはもうひとりの彼と魔女の契約直後に、彼の名前を聞き、驚きの余り魔女仲間の妖精族と一緒に気絶。異世界に転移して逃げ場のないもうひとりの彼はマギサ達と共に女神の代理人を目指して、戦い始めるのだった。