八百万の神を信仰する日本。日本政府は極秘裏に世界の神格系と協定を結び、共存共栄の道を歩み出した。そのことにより、神、御使い、悪魔、堕天使などが人化をして、普通に人間界で生活している。

しかし、中には神格系の結んだ協定を良しとしない『はぐれ』がたまに誕生して、人間絡みの犯罪を犯していた。それらの犯罪、事件は3rd-AT(サード・アトラクション)と呼ばれて、一般の国民には秘密裏に処理されている。

それらの犯罪、事件を取り締まるため、「Anti Monster Police Department(通称AMP)」を組織した。特殊能力を持つ『特殊捜査隊第1課』、特殊装備で戦う『特殊捜査隊第2課』が、3rd-ATを捜査、解決に導いていく。