とある高校の機械工学部に所属する主人公達の『譲司 龍雅』、『谷ケ野 昴』、『志木神 佐祐』は共に巨大ロボット建造を夢見ていた。ある日、謎の魔法陣が現れクラスメイトと共に異世界に召喚された。
異世界の王は魔王『ザキル』が世界征服を宣言し、それに対抗する為に彼らを召喚した事を話す。皆は魔法を学び様々な能力を取得し、異世界のロボット「聖巨兵」の操縦をマスターするが、龍雅、昴、佐祐は能力を獲得出来ず無能力者として皆から爪弾きにされてしまった。しかし、三人はめげずに魔法学を学びながらオリジナルの戦闘用ロボットの建造を始めた。
ある日のクエストでブラック・ドラゴンから皆を守る為に龍雅達は作ったばかりのロボットで戦うが、力の差で敗れ戦死する。だが龍雅達は戦死しておらず、ある洞窟で不思議なクリスタルから放たれる魔力を受けた龍雅達は超人に近い能力を手に入れる。そして龍雅達はそのクリスタルを調べた結果、なんと本物の「ゲッター線」を宿したクリスタルであった。
そこで龍雅達は長年の夢であったスーパーロボット建造を始める。半年後、ゲッタークリスタルと魔導書の錬金魔法を使ってオリジナルのゲッターロボ、「新ゲッターロボG」を完成させる。そして龍雅達は名をゲッターチームに変え、クラスメイトとは別に自分達で魔王討伐に向かう。その道中で新たな仲間を入れていく内に世界を滅ぼそうとする神々の存在を知る事となる。