2027年の京都。冴えない男子高校生・堅書直実の前に、10年後の未来から来た自分（ナオミ）が現れる。ナオミの目的は、直実がこれから恋人になる一行瑠璃を、宇治川の花火大会で落雷による「脳死状態」から救うことだった。
未来の悲劇を回避するため、直実はナオミの指示を受けながら瑠璃との距離を縮め、運命の日に立ち向かう。しかし、その因果の裏側には、高校の同級生である勘解由小路三鈴の秘められた想いと、過酷な現実が交錯していた。
現実と仮想世界（アルタラ）の境界が崩壊していく中、時空を超えた孤独なサルベージ計画が幕を開ける。果たして直実は、愛する人の未来をハッキングし、救い出すことができるのか。
未来の悲劇を回避するため、直実はナオミの指示を受けながら瑠璃との距離を縮め、運命の日に立ち向かう。しかし、その因果の裏側には、高校の同級生である勘解由小路三鈴の秘められた想いと、過酷な現実が交錯していた。
現実と仮想世界（アルタラ）の境界が崩壊していく中、時空を超えた孤独なサルベージ計画が幕を開ける。果たして直実は、愛する人の未来をハッキングし、救い出すことができるのか。
- 序章：孤独な追跡者の夜
- 第一話：記録の外側のふたり（2027年）
- 第二話：古書と体温のレイヤー（2027年）
- 第三話：不確定因子のパルス（2027年）
- 第四話：偽像の解像度（2027年）
- 第五話：三位一体のレイヤー・ハック
- 第六話：絶対零度のシェルター（2033年）
- 第七話：虚数領域の取引（2037年）
- 第八話：虚数領域の臨界（2037年）
- 第九話：虚数領域の共犯者（2037年）
- 第十話：魂の等価交換と、再生のレイヤー
- 第十一話：因果の回帰、そして共犯のレイヤー
- 第十二話：月面レイヤーの三女神（2047年）
- 第十三話：虚数迷宮のペイン・プロトコル（2047年）
- 第十四話：反転の生贄（2047年）
- 第十五話：反転のクォークは境界線の彼方へ
- 最終話：無限のレイヤー、極点のトリニティ・ハック