奉仕国家の件から二年後。リリィ達は漂流ビーチにてのんびりと過ごしていた。

そんなある日、この漂流ビーチにて、航海士の少女が漂流して来た。

少女の名はクレア・コクラウン。彼女は闇に襲われた被害者で、ここへ流れ着く前の記憶は失っていた。

彼女の出会いがきっかけなのか、とある世界からのSOS反応をキャッチしたリリィ達は、新たな仲間と共に海賊王国がある世界・サン・テミオン大陸へ向かう。

一方その頃、黒く染まった海の中では、人喰い人魚達が巣食う海底神殿があった。

※Lily ~白百合の女騎士と呪われた淫欲と背徳の都~の続編となっています。