人類と深海棲艦との戦争が続く中、珍妙な連中を見たという報告が日本の大本営に何件も届いていた

ある時は深海棲艦の拠点や輸送部隊を襲撃していた
またある時は今にも沈んでしまいそうな艦娘達の命を救っていた
出撃中の艦娘に補給や修理を施したと聞いた
艦娘達と共に輸送船の護衛もやっていたとも聞いた
共同戦線を張って海域を解放したと言う艦娘もいた
艦娘を苦しめる悪名高い鎮守府を襲撃していたとの報告もあった

しかし、ある日を境にその報告件数もごっそりと減った

それから数年後、新設されたばかりの鎮守府に綾波型駆逐艦9番艦の漣が着任する事になった
物語はそこから動き出した

※R-18タグがありますが、性的表現は殆どと言っていいレベルで無いです。どちらかと言えば、R-15では収まり切らないレベルの暴力描写や残酷なシーン、反社会的な表現がある都合でR-18タグが付いています